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家禽流行性感冒病毒全都屬於正黏液科(Orthomyxoviridae)的Influenza virus A屬。它是帶有封套的負鏈RNA病毒，其基因套組可分成八個片段(segments)，含有八個基因(genes)，即PB1、PB2、PA、HA、NP、NA、MA和NS，病毒顆粒雖然常為圓形，但實際上相當多形性，病毒顆粒直徑在80-120nm之間，有時病毒也是呈絲狀。
八個基因含有10種病毒蛋白的密碼，其中三個，即血球凝集素(HA)，神經胺酸(NA)和基質2蛋白(M2)構成封套的主成分，對刺激宿主產生免疫反應很重要，其他內部蛋白如PA、PB1、PB2是病毒的聚合酶，基質1蛋白(M1)、核蛋白(NP)和非結構蛋白2(NS2)則為成熟病毒顆粒的部分成分，而非結構蛋白1(NS1)在病毒感染細胞製造相當多，但卻沒在病毒顆粒內出現。
就抗原性而言，流行性感冒病毒可分成A、B、C三種血清型，而所有的家禽流行性感冒病毒都屬於A血清型，而依據HA抗原的差異又可分成16種H亞型，依NA抗原的不同，可分成9種N亞型。
事實上所有H和N可能的不同組合病毒都曾經在禽類分離到，此說明了其極端的抗原變異性，為家禽流行性感冒病毒感染的特性。在宿主細胞產生遺傳上的重組，事實上不同的病毒株如同時感染相同的細胞，則母代病毒的各基因片段會產生重組地出現到子代病毒，因此二個不同的家禽流行性感冒病毒，理論上，有可能產生256種不同的子代病毒。
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